崇祯见局势糜烂到不可收拾的地步，再次跟李明睿和左都御李邦华复议南迁的计划，并要大学士陈演担当责任，陈演不愿，不久后被罢职。

第二次南迁计划失败后，崇祯让驸马巩永固代口要求重臣守京师，并以“圣驾南巡，征兵亲讨”为由出京，诸臣唯恐因皇帝不在京城而变成农民军发泄怒火的替死鬼，故依然不让崇祯离京。

此时，农民军起义大大小小快十年之久早成气候，从北京向南，南京向北，纵横数千里之间，白骨满地，人烟断绝，行人稀少。

崇祯帝召保定巡抚徐标入京觐见相商守城事宜，徐标说，臣从江淮而来，数千里地内荡然一空，即使有城池的地方，也仅存四周围墙，一眼望去都是杂草丛生，听不见鸡鸣狗叫。看不见一个耕田种地之人，像这样陛下将怎么守城，怎么治理天下?

崇祯帝听后，潸然泪下，叹息不止。于是，为了祭祀难民和阵亡将士和被杀的各位亲王，崇祯帝便在宫中大作佛事来祈求天下太平，并下诏罪己诏，再次催促湖北督师孙传庭和山西督师卢象升赶快围剿农民军。

可大厦将倾又有谁能力挽狂澜，大明朝廷在崇祯的哀伤声中一点一点消失着。

李自成留大将田见秀部留守西安，亲率五十万大军对外号称百万接着河南疫情减缓的时机大举进犯。大军所到之处如入无人之境，百姓无不争相喜迎。

几月间便攻克石家庄直补保定府而来、眼看远水救不了近火，崇祯病急乱投医任吴三桂为平西伯，飞檄三桂入卫京师，起用吴襄提督京营。

李自成陷宣府一切来的那么突然，宣俯守城太监杜勋投降，十一月十五日，大学士李建泰投降，李自成部开始包围北京。

太监曹化淳说：“忠贤若在，时事必不至此。”十二月十六日，昌平失守，十七日，围攻北京城。新年伊始农民军以飞梯攻西直、平则、德胜诸门，守军或逃、或降。